Studia doktoranckie w Akademii Wychowania Fizycznego im B. Czecha w Krakowie prowadzone są od roku akademickiego 1998/1999. Studia mają charakter stacjonarny i trwają osiem semestrów (4 lata). Umożliwiają uzyskanie stopnia naukowego doktora nauk o kulturze fizycznej. Jednostką organizacyjną, realizującą zadania związane z funkcjonowaniem studiów doktoranckich, jest Wydział Wychowania Fizycznego. Problematyka naukowo-badawcza Wydziału WF wyznacza zakres tematyczny prac doktorskich, które mogą być prowadzone w ramach studiów doktoranckich.
Wydział Rehabilitacji Ruchowej, który rozpoczął działalność w roku akademickim 2002/2003, w lutym 2008 uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk o kulturze fizycznej. Istnieje więc możliwość otwarcia przewodu doktorskiego i obrony pracy doktorskiej na Wydziale Rehabilitacji Ruchowej.
Opiekę nad studiami doktoranckimi sprawuje Prodziekan ds. Rozwoju Kadr i Studiów Doktoranckich bezpośrednio podlegający Dziekanowi Wydziału Wychowania Fizycznego. Nadzór merytoryczny nad studiami doktoranckimi sprawuje Rada Wydziału Wychowania Fizycznego.